Воспитательная система  в школе представляет собой единый комплекс взаимосвязанных направлений деятельности всех участников образовательного процесса.

Основным документом, определяющим организацию воспитательной работы, является комплексно-целевая программа, которая структурирует воспитательную деятельность по следующим направлениям: - «Гражданин  г.  Ростова-на-Дону – гражданин России». Гражданская  деятельность  учащихся  в системе  духовно-нравственного  воспитания  - главная задача воспитательной работы.

Центром  духовно-нравственного воспитания учащихся в  школе является музей, носящий  имя 248-й  Краснознаменной Одесской стрелковой дивизии. Разработана  и реализуется  программа патриотического  воспитания  на  2006-2010 г.г.  Работают  кружки «Поиск», «Юный  экскурсовод», клуб   «Милосердие». Встречи  с ветеранами,  курсантами  военных училищ,  экскурсии по местам  боев – главное  в работе по патриотическому  воспитанию.  Школа ежегодно представляет свои материалы   на  районных  и городских  краеведческих конференциях и занимает призовые места.

Художественно-эстетическое воспитание реализуется  на  основе  функционирования программы  «Досуг»,  работы  кружков «Лозоплетение»,   «Веселые нотки»,  «Донские  напевы»,  «Изостудия»,  хореографического  «Нежность», «Театра для  малышей»,  хорового.

Спортивно-оздоровительная  работа  строится на основе программы  «Здоровье» через  занятость детей  в секциях  по  баскетболу,  каратэ, рукопашному  бою,  спортивному ориентированию,  спортивным  играм,  кружка  «Юный стрелок»;  организуются экскурсии, походы по родному краю, поездки в крупные города России;  на  базе  школы действует  летняя оздоровительная  площадка  «Весна»; участие  в городских  программах  (например,  «Молодежь - за здоровый образ  жизни»).

На базе специализированных классов  создан  совместный  план  воспитательной работы МОУ СОШ № 90 и  колледжа  рационального  обучения  при Институте  управления, бизнеса  и права. Основной задачей  совместной  деятельности  является  вовлечение студентов  и школьников в  самостоятельную целесообразную деятельность в различных  сферах: науке, спорте,  самоуправлении, искусстве.

Социальная поддержка и защита участников образовательного процесса относится к числу приоритетных направлений деятельности школы: работают школьная столовая, медицинский кабинет, стоматологический  кабинет.  В школе создана психологическая служба, которая осуществляет свою деятельность по направлениям: психодиагностическая работа, консультирование, развивающая и коррекционная работа, психологическое просвещение  и сопровождение.